Seit Übertragung des Gnadenbildes in die Wallfahrtsbasilika ist es um die alte Kapuzinerkiche still geworden. Sie diente als Gymnasial-, zeitweise als Pfarrkirche, als sich in Werl eine neue Gemeinde zu formieren begann, die in St. Peter ihr Zentrum fand.
1953 bis 55 und danach im Jahr 1980 wurde die Alte Wallfahrtskirche renoviert. Die Barockaltäre wurden in ihrer ursprünglichen Fassung freigelegt.
1982 wurde der Hauptaltar um das Bild der Heimsuchung Mariens komplemtiert. Im gleichen Zuge wurden die Figuren auf den Altären durch barocke Kunstwerke ergänzt:
Durch die Darstellung der Gottesmutter Maria und des hl. Josef wie auch der heiligen Antonius, Liborius und Bonifatius. Damit hat die alte Kirche wieder zu ihrer ursprünglichen Schönheit gefunden.
Ein besonderer Blickfang ist das einzige farbige Fenster der Alten Wallfahrtskirche direkt über dem Haupteingang. Nach dem Entwurf des Werler Künstlers Christian Göbel (1904 – 1964) entstand 1953 in der Glaswerkstatt des Klosters eine Darstellung der Himmelfahrt Mariens. Dieses Werk verbindet architektonische Bestandteile wie Schriftzeilen (unten) oder Krone haltende Engel (oben) mit einer schwebend bewegten Mariengestalt, deren eng anliegendes goldfarbenes Untergewand und deren blauer Mantel zusammen mit dem roten Heiligenschein farbliche Akzente ergeben.
Genau über diesem Glasbild befindet sich in der Aussenfassade eine Nische im Kirchengiebel mit einem weiteren damals neugeschaffenen Marienbild.
Bildhauer Joseph Wäscher arbeitete diese Marienfigur mit Kind in traditioneller Formgebung auf Halbmond und Schlange als Abguss aus synthetischer Muschelkalkmasse. So verband die Neugestaltung der Alten Wallfahrtskirche in den Jahren 1952 – 55 in bemerkenswerter Weise den Hauptaltar mit dem Raum, den Raum mit der Fassade und die Fassade mit der Stadt. Dieser Achsenbezug durch das Gebäude wird innen noch durch die Orgelfassade betont.
Der Freipfeifenprospekt der Firma Gebrüder Stockmann steigt von beiden Seiten zur Mitte an und flankiert den Durchblick auf das Marienfenster durch Pfeifen unterschiedlicher Höhe, die beidseitig auf je einer engen Kreisscheibe aufgestellt sind.
Gern nehmen heutzutage Wallfahrerinnen und Wallfahrer diesen Kirchenraum zum Gebet und zum Verweilen an.
